Am 1. September 1913 um 6.22h morgens verließ der Eröffnungszug, bestehend aus dem Tiebwagen EM2 und zwei Beiwagen den Bahnhof St.Florian und erreichte um 6.50 h Ebelsberg. Zwei Ehrendamen in Weiß verteilten Blumensträuße an die ersten Fahrgäste. Sonst gab es keine Eröffnungsfeierlichkeiten, denn man hatte sich von Seiten der Konzessionäre gegen solche ausgesprochen. Gründe dafür wurden keine angegeben, Sparsamkeit kann aber als wahrscheinlichster Beweggrund angenommen werden. Das Interesse der Bevölkerung hielt sich an diesem Morgen ohnehin in Grenzen, von den 96 zur Verfügung stehenden Sitzplätzen waren nur 42 besetzt. Nichtsdestotrotz entwickelte sich der Personenverkehr schon im ersten Monat sehr gut.
Bei einer Besprechung berichtete das Verwaltungsratmitglied Andreas Malzer, "daß seit Betriebseröffnung am 1. September der Verkehr auf der neuen Strecke ein ganz außergewöhnlich starker ist, was wohl hauptsächlich auf den Anreiz, den jede neue Bahnstrecke bietet, zurückzuführen sein dürfte. (...) Der Andrang war besonders an Sonn- und Feiertagen ein derart bedeutender, daß die zur Verfügung stehenden Personenwagen nicht ausreichten und Frachtenwagen (EG4-5, d. Verf.) zur Personenbeförderung herangezogen werden mußten."
Insgesamt wurden vom 1. - 28. September 9455 Personen befördert. Um eine dichtere Zugfolge zu ermöglichen wurde die betriebsführende Firma beauftragt, bei der Haltestelle Bruck (Betriebskilometer 5,6) eine zusätzliche Ausweiche zu errichten.
Unterdessen war es bezüglich der neuen Ebelsberger Traunbrücke zu einem Streit mit dem k.k.Eisenbahnministerium gekommen. Das Ministerium stellte wegen eventueller Konkurrenzierung der k.k.Staatsbahnen und des daraus entstehenden Entganges an Fahrgästen Ansprüche in der Höhe von K 8000.- pro Jahr an die Lokalbahn. Man beschloß, "dagegen in schneidiger Weise zu protestieren." Die Betriebsüberschüsse für die Monate September 1913 bis Februar 1914 wurden vorgelegt, um nachzuweisen, daß die Forderungen der Staatsbahn mehr als die Hälfte der Bruttoeinnahmen darstellten. Das wäre für die Localbahn existenzbedrohend, und es wäre für diese daher ratsam, unter diesen Umständen auf eine Verlängerung über den Marktplatz Ebelsberg hinaus zu verzichten. Nachdem auf diese Weise keine Einigung erzielt wurde, richtete man einen Appell an die Staatsbahn. "Mit demselben Recht, wie von der genannten Lokalbahn, könnte von jeden in Österreich neu entstehenden Bahnunternehmen ein Betrag verlangt werden; denn jede neue Bahnlinie wird bewirken, daß irgendeine Verschiebung des Verkehrs eintritt. Man bedenke aber noch die Besonderheit dieses Falles. Die Localbahn hat die Concession, ein Bahnunternehmen zu betreiben, das den Verkehr in der Linie Ebelsberg- St. Florian besorgt und hat an die Staatsbahn nach Inhalt der bestehenden Concession keinen Ersatz dafür zu leisten, wenn die Bevölkerung von St. Florian (einem gar nicht an der Staatsbahn gelegenen Orte) statt mit der Post direct nach Ebelsberg und Linz oder statt mit der Bahn (der Staatsbahn, Anm. d. Verf.) über Asten mit der von der Gesellschaft errichteten elektrischen Bahn nach Ebelsberg fährt oder wenn die Bewohner von Linz, soweit sie nach St. Florian streben, dieses in Zukunft in der Art machen werden, daß sie mit der Straßenbahn nach Ebelsberg fahren, dort über die Brücke gehen, und dann in die Bahn einsteigen. Für diesen Verkehr hat die Localbahn keine (!!!) Sonderabgabe zu leisten. (...) Nun will die genannte Localbahn, wenn einmal die Brücke gebaut sein wird, das Verbindungsstück zwischen Ebelsberg Markt und der Station Ebelsberg der Straßenbahn (auf der gegenüberliegenden Flußseite, Anm. d. Verf.) herstellen. Den Mangel dieses Verbindungsstückes zu beheben, leistet die Bahn mit Hilfe des Landes 140.000 Kronen à fond perdu. Und nun tritt für den Zeitpunkt in dem diese Brücke fertig sein wird, und in dem das fehlende Verbindungsstück ausgebaut werden kann, die Staatsbahnverwaltung heran, und verlangt eine jährliche Abgabe bis zu 8000 Kronen! Es ist wohl nie irgend eine Klein- oder Localbahn in Österreich gebaut worden, der eine derartige Last zugemutet wurde!"
Trotz aller Proteste und Bitten blieb die Staatsbahndirektion bei ihren Forderungen. Der erste Weltkrieg beendete den Konflikt bis auf weiteres, für die neue Brücke waren nun ohnehin keine Mittel vorhanden.
Bis zum Kriegsausbruch im August 1914 entwickelte sich die Fahrgastfrequenz erfreulich, was die Betreiber zu dem Schluß kommen ließ, daß der Bevölkerung mit einer Rumpfstrecke auch gedient sei, und es allemal besser war, als gar keine Verbindung in Richtung Linz zu haben.
Nach Kriegsbeginn mußte das gesamte Personal, vom Betriebsleiter bis zum Streckenwärter zur Armee und wurde durch ein anderes ersetzt. Der Lokalverkehr blieb stabil, doch der sonst ziemlich bedeutende Fremdenverkehr blieb infolge des Krieges fast vollständig aus. Um den Zugsverkehr den schwierigen wirtschaftlichen Verhältnissen anzupassen, beschloß man, den Fahrplan zu reduzieren, eine Maßnahme, die jedoch keinen langen Bestand hatte. An Werktagen verkehrten nun fünf, an Sonn- und Feiertagen sechs Zugpaare. Problematischer als der Rückgang des Fremdenverkehrs war das völlige Fehlen eines Güterverkehrs auf der Bahn, sogar der Gepäckverkehr war minimal. Hier zeigte sich deutlich, wie schwierig es war, Güterverkehr auf eine nur teilweise verwirklichte Bahnlinie zu lenken.
Bei einer künftigen Verbindung mit der Linzer Tramway war auch kein Anstieg des Güteraufkommens zu erwarten. Daher wurde im März 1916 beschlossen, eine Schleppbahn zur Staatsbahnstation Asten-St.Florian zu bauen, wie dies ja schon im Ansuchen um die Vorkonzession im Jahre 1908 geplant war. Da die Lagerhausgenossenschaft Enns mit dem Bau eines neuen Lagerhauses in St. Florian beginnen wollte, erwartete man einen recht rentablen Verkehr. Und im Falle eines eventuell doch zustande kommenden Ausbaus der Srecke in Richtung Steyr, würde die Rentabilität weiter steigen.
Um den Warenverkehr in Richtung Linz auch etwas zu heben, wollte man mit der Tramwaygesellschaft und der Stadtgemeinde Linz einen Vertrag schließen, der den Stückguttransport bis Ebelsberg und von dort mit der Straßenbahn weiter nach Linz vereinfacht hätte.
Die Schleppbahn zur Staatsbahnstation Asten-St.Florian sollte bei Kilometer 7,4 der Stammstrecke abzweigen, und nach etwa einem Kilometer die Wiener Reichsstraße (später Staats- bzw. Bundesstraße) rechtwinkelig kreuzen. Nach weiteren 1300 Metern hätte sie dann die Staatsbahn erreicht, wo eine Ausweiche mit 33 m Nutzlänge und ein Umladegleis von 50 Metern Länge errichtet werden sollte. Auf Wunsch der Staatsbahn wäre hier auch eine Laderampe und ein geschlossenes Magazin errichtet worden. Wegen des Krieges konnte das baubehördliche Verfahren erst 1919 abgewickelt werden. Die Begehungs- und Enteignungskommission fand am 24. und 25. November 1919 statt. Gegen die beabsichtigten Enteignungen wurden keinerlei Einwände eingebracht. Die Gemeinden St. Florian und Asten äußerten den Wunsch, daß an zwei Punkten der Strecke die Möglichkeit geschaffen wird, Güter bis maximal 50 kg unmittelbar von den Versendern in die Waggons laden zu lassen. Außerdem wollte man die Schleppbahn für den Personenverkehr zugänglich machen.
Die Gesellschaft zeigte sich bereit, diesen Wünschen zu entsprechen. Sie mußte daher in einigen Punkten ihre Statuten ändern, weil die neue Strecke dazu bestimmt war, dem von ihr durchzogenem Gebiet die Ausfuhr seiner landwirtschaftlichen Erzeugnisse zu ermöglichen.
Sie war also eine für den öffentlichen Güterverkehr, und möglicherweise auch Personenverkehr bestimmte Verkehrslinie. Daher wurde sie nicht als Schleppbahn angesehen , sondern als Lokalbahn, und als solche hätte sie als Bahn niederer Ordnung konzessioniert werden müssen, wofür in den ursprünglichen Statuten keine Bestimmungen enthalten waren.
Interessanterweise kam es während der Planungsphase zu einer Diskussion über die Spurweite der Stichstrecke. Es gab offensichtlich Bestrebungen, den Abschnitt St. Florian - Taunleiten mit einem Dreischienengleis auszurüsten und die Abzweigung von Taunleiten zur Staatsbahnstation mit 1435 mm Spurweite auszuführen. Das hätte ein direktes Überstellen von Güterwagen der Staatsbahn ermöglicht. Der Streckenast nach Ebelsberg sollte weiterhin auf 900 mm Spurweite betrieben werden. Im Verwaltungsrat der Aktiengesellschaft sprach man sich aus Kostengründen gegen einen Umbau aus. Die höheren Auslagen und die daraus erwachsende Zinsbelastung beim Bau einer Normalspurbahn hätten die daraus entstehenden Vorteile mehr als aufgewogen.
Obwohl die Stichbahn von allen Seiten als volkswirtschaftlich nützlich bezeichnet wurde, ließ die ministerielle Bewilligung auf sich warten, sodaß man gezwungen war das Projekt ad acta zu legen.
Ab 1916 waren die Auswirkungen des Krieges auf die Lebensmittelversorgung, vor allem in den Städten nicht mehr zu übersehen. Schlechte Witterung und Stromknappheit erschwerten zwar den Betrieb, die Fahrgastzahlen stiegen aber ständig. Im Jahr 1918 konnte man daher folgendes verlautbaren: "Die jetzigen Verhältnisse sind für die Bahnen überhaupt günstig. Der Krieg scheint nicht bloß die waffenfähige Bevölkerung, sondern auch die übrige, einschließlich der weiblichen, mobil gemacht zu haben; auf den Staats- und Privatbahnen und insbesondere den städtischen Straßenbahnen sind alle Züge überfüllt. Man sucht jetzt noch lieber als sonst für ein paar Erholungsstunden besonders an Sonn- und Feiertagen das Land auf, weil man in der Stadt viel mehr an den Krieg und sein mannigfaches Elend erinnert wird, als auf dem Lande. Der Ausflugsverkehr nach St. Florian, der Besuch des Stiftes mit seinen Sehenswürdigkeiten, scheint in Linz immer mehr bekannt und beliebt zu werden. Aber auch die Landbevölkerung fährt mit unserer Bahn, welche sich auch bei dieser einer stets steigenden Beliebtheit erfreut, zahlreich in die Stadt. Der Krieg bringt Stadt und Land mehr in Zusammenhang, und zwar nicht zuletzt infolge des Austausches von Waren und Lebensmitteln. Von Hamsterfahrten weiß auch unsere Bahn viel zu erzählen."
Monatlich mußte man etwa 80 zusätzliche Bedarfszüge einführen, um so den gestiegenen Bedarf decken zu können, außerdem wurden die beiden Gepäckwagen wiederum für den Personenverkehr herangezogen. Die oben erwähnten Hamsterfahrten nahmen vor allem durch den Mangel an Pferdefuhrwerken weiter zu. Insgesamt transportierte die Bahn in den Jahren zwischen 1916 und 1918 beinahe 2700 Tonnen Nahrungsmittel.
Die Bahn, "anfangs mehr eine Ausflugs- oder Vergnügungsbahn, hat im weiteren Verlaufe einen ernsteren Charakter angenommen; sie kommt als Approvisionierungslinie für Linz ungemein in Betracht. Nicht nur an Sonn- und Feiertagen nachmittags, sondern auch an den Werktagen sind die Züge auch vormittags vollbesetzt und steigen die Leute in St. Florian sowohl als auch in den Zwischenstationen aus, um sich bei den Bauern Lebensmittel zu holen. Welche Mengen von solchen Artikeln im vergangenen Jahre in den Rucksäcken und Handtaschen ihren Weg nach Linz nahmen, entzieht sich jeder Berechnung."
Der Andrang war derart, daß sich schon bald verstärkter Materialverschleiß bemerkbar machte. In einer Zeit, in der die Beschaffung von Ersatzteilen kaum möglich war, bedeutete dies eine große Erschwernis für das Personal.